前沿交叉研究院生物信息学中心专题培训班的通知

发布时间:2022-01-04联系人:段荣静联系方式:13770919141设置

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为了提升生命科学与生物信息学的学科交叉,帮助我校师生尤其是研究生新生利用生物信息学技术更好地开展科学研究,前沿交叉研究院生物信息学中心计划举办系列相关培训。116-19日,中心将邀请在全基因组关联分析、分子进化分析等领域具有丰富经验的一线科研人员主讲,结合具体实例深入详细地开展培训,欢迎有兴趣的老师和研究生报名参加。
一、培训内容及安排:
培训一:全基因组关联分析培训
培训时间:116-17
培训费用:800/
培训地点:待定
培训内容:
1.全基因组关联分析培训
1)全基因组关联分析简介;
2)表型数据分析;
3)基因型数据分析;
4)连锁不平衡估计;
5)群体遗传结构推断;
6)一般线性模型(GLM)与混合线性模型(MLM)方法;
7)限制性两阶段多位点全基因组关联分析(RTM-GWAS)方法。
主讲人:
甘祥超教授:bwin唯一官方网站|主頁农学院/前沿交叉研究院教授,博士生导师。
主要从事基因组学、生物信息及大数据分析的研究,在基因表达数据分类及智能化识别、全基因组序列组装、种内及种间数据比较和关联分析等研究中取得了一定成绩,以第一申请人身份获得大数据分析及智能化识别方向美国专利一项,以第一或通讯作者身份在Nature Nature PlantsNuclear Acid ResearchPLOS Genetics等本领域的顶级刊物上发表多篇论文,以合作者在NatureScienceCellGenes and DevelopmentCurrent BiologyGenome Research等刊物上发表论文二十余篇。积极参与了多个大型国际基因组研究项目,包括1001 拟南芥基因组研究,碎米芥基因组研究,小鼠基因组项目,CONVERGE抑郁症项目等。
贺建波博士:bwin唯一官方网站|主頁农学院讲师。
主要从事数量遗传与进化分析相关的理论方法研究工作,拓展了双列杂交设计的位点组分析方法为主-微位点组分析方法,发展了基于格子设计的数量性状基因定位方法,提出了适用于群体遗传和育种应用的限制性两阶段多位点全基因组关联分析(RTM-GWAS)方法,开发了相应的全基因组关联分析与育种优化组合设计的计算机软件。主持国家自然科学基金青年科学基金项目1项,国家重点研发计划项目课题任务1项,中央高校基本科研业务费项目1项。发表SCI论文9篇、中文核心期刊论文9篇。获授权计算机软件著作权1项,发明专利1项。参编国家级规划教材《试验统计方法》(第五版)。
培训二:分子进化分析培训
培训时间:118-19
培训费用:800/
培训地点:待定
培训内容:
1. 分子进化与系统发生
1)同源基因介绍,核酸序列比对方法介绍,核酸替换模型介绍,遗传距离计算方法演示;
2Codon替换模型(Ka/Ks计算方法)、蛋白替换模型介绍;
3基因系统发生树构建。
2. 群体遗传学与群体基因组学
1)群体多样性概念,基于重测序的遗传变异(SNP与小INDEL)检测方法;
2)基于SNP的群体遗传参数计算(π,Tajimas D, ...);
3)受选择位点、驯化位点的检测手段;
4)选择压力分析(Codeml)。
3. 比较与进化基因组学
1)基因组多样性
介绍基因组大尺度变异(SV+CNV)形式、基因组比对方法;介绍泛基因组相关概念和分析思路;介绍单倍型分析、共线性分析;
2)物种起源与分化研究
解释基因树与物种树的区别,以水稻为例讲解如何构建物种树,如何依据系统发生关系追溯作物的起源与驯化历史。
主讲人:
王龙博士:南京大老必赢国际app登录命科学学院副教授,博士生导师。
主要从事植物分子进化与基因组变异研究,聚焦“植物基因组变异产生的分子规律与机制及其对基因功能演化的影响”,致力于利用生物信息学手段尝试解答植物基因组演化特征与规律。以第一或者通讯作者身份在NaturePNASGenome BiolPLoS BiolMBESCI期刊发表了十余篇文章。目前主持国家自然科学基金面上项目2项(在研)、青年科学基金项目1项(已结题),2020年入选第六届中国科协青年人才托举工程。
袁阳博士:bwin唯一官方网站|主頁农学院讲师。
主要从事小麦抗病育种,小麦起源进化等方向的研究工作,研究了小麦特异基因的序列、表达和进化,参与了小麦赤霉病、白粉病等多个基因的克隆工作。在PNASNew PhytologistBMC genomeicsGenomics等期刊发表了多篇论文。主持江苏省青年科学基金1项,国家青年科学基金1项。参与农学院本科生和研究生《生物信息学》《高级生物信息学》等课程的教学工作。
培训三:BaseNumber-基于GPU加速的基因数据分析软件培训
培训时间:暂定117日晚上730-900
培训费用:免费
培训地点:线上
https://meeting.tencent.com/dm/sbIMcCqFHbMb
#腾讯会议:832-664-405
会议密码:112233
手机一键拨号入会
+8675536550000,,832664405# (中国大陆)
+85230018898,,,2,832664405# (中国香港)
培训内容:
遗传变异的检测目前大多基于CPU计算,计算速度较慢,所需硬件规格较高。GPU计算将极大的加速基因分型,克服GWAS等相关研究中的限速因素。生信中心与赛乐公司合作,已部署了基于GPU的基因数据分析平台,特举行相关培训。
1.BaseNumber-基于GPU加速的基因数据分析软件培训
1)背景介绍;
2)异构硬件加速原理;
3BaseNumber加速基本原理;
4BaseNumber性能指标;
5BaseNumber胚系变异检测流程简介;
6BaseNumber工具软件使用方法简介;
7BaseNumber使用的注意事项。
主讲人:
葛平博士:赛乐基因生物信息总监。
葛平博士于2016年在美国中佛罗里达大学取得计算机博士学位(研究方向为生物信息学),之前分别在华中科技大学及武汉大学取得硕士及学士学位。先后在诺禾致源及莲和医疗担任生物信息总监,期间领导两家公司开发癌症基因检测相关流程研发与验证,以及科研项目数据分析与解读。
葛平博士在生信算法设计及高性能计算等领域拥有丰富的科研经验,设计的组合算法极大提高了RNA结构分析的速度和准确性,具有国际领先水平。在顶级期刊及会议Nucleic Acids Research, Bioinformatics, RECOMB-Seq等发表生信算法论文10余篇,影响因子总和超过45分。
二、培训注册:
https://meeting.tencent.com/dw/sbIMcCqFHbMb?wxmode=1
三、培训联系方式:
联系人:段荣静(13770919141)、朱志涛(18551760304
固定电话:025-84399042
地址:理科南楼F214
欢迎广大师生踊跃报名!

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